La prensa, sin embargo, jugó un papel secundario dentro de esta naciente cultura política. La propiedad de los medios de comunicación sigue concentrada en manos de unas pocas corporaciones con estrechos vínculos al régimen militar anterior. La debilidad institucional de la prensa se refleja en el hecho de que la derogación de la Ley de Seguridad del Estado no parece ocupar prioridad alguna en la agenda del presidente Lagos. La prohibición de El libro negro de la justicia chilena, de Alejandra Matus, de conformidad con esta ley, que data de varias décadas y que considera que insultar a los funcionarios oficiales es un delito, demuestra cómo las restricciones legales siguen siendo un obstáculo para las labores periodísticas en Chile.

Matus pasó seis años haciendo sus investigaciones para El libro negro, que es un recuento histórico del poder judicial local. Pero el libro no pasó más de dos días en los anaqueles de las librerías chilenas. El magistrado de la Corte Suprema Servando Jordán, quien evitó por estrecho margen un proceso de destitución por acusaciones de corrupción en 1997, prohibió el libro y acusó a Matus bajo la Ley de Seguridad del Estado. La policía confiscó toda la edición impresa el 14 de abril. Ese mismo día, Matus abordó un avión y se fue a la Argentina, para evitar el arresto. Tanto el jefe ejecutivo como el jefe de redacción de la editorial de Matus, Planeta, fueron detenidos brevemente en junio en relación con el mismo caso.

El caso de Matus provocó la indignación de todos los sectores de la sociedad chilena; los legisladores marcharon hasta la Corte Suprema portando unas enormes tijeras de cartón, para simbolizar el corte del flujo de información. En una reunión con una representante del CPJ, Genaro Arriagada, embajador chileno en Estados Unidos, calificó a la Ley de Seguridad del Estado de «absurda y antiética», y añadió que «daña la imagen de nuestro país».

En última instancia, la prohibición del libro aparentemente no surtió resultado práctico alguno. Luego de que El libro negro de la justicia chilena fuera retirado de los anaqueles, apareció en la Internet, donde registró veinte mil visitas su primer día en la Red. Poco después de que la edición del libro fuera confiscada, el presidente Eduardo Frei envió al Congreso un proyecto de enmienda de ley. Se considera que el proyecto modificaría el tristemente famoso Artículo 6b, el cual dispone que insultar a los altos funcionarios es una ofensa al orden público. El proyecto del presidente Frei también dificultaría que las las autoridades prohibieran publicaciones del todo. El proyecto se encontraba pendiente ante el Senado para finales de año.

Los abogados chilenos han criticado el proyecto de reforma actual, por considerar que viola las normas internacionales; señalan que éste perpetúa el que «la falta de respeto» sea considerada delito por el código penal, y que impone multas y sanciones aún mayores por difamar a funcionarios de alto rango. Los expertos legales también han expresado su oposición a la medida, porque las publicaciones aún podrían prohibirse bajo la nueva ley.