El ataque más devastador del año ocurrió el 13 de agosto, día en que el humorista político Jaime Garzón fue asesinado, camino a su oficina, por unos hombres armados en motocicleta. Garzón, quien utilizaba el humor para criticar a todas las facciones en el conflicto, era una figura querida de la radio y la televisión nacionales. él solía emplear su condición de respetado periodista para negociar la liberación de víctimas de secuestros perpetrados por la guerrilla. Garzón también prestó servicios a una comisión independiente que mediaba entre el gobierno y los guerrilleros izquierdistas del Ejército Liberación Nacional (ELN).

Antes de morir, Garzón había recibido amenazas de muerte de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC), una violenta agrupación paramilitar de ultraderecha vinculada a centenares de denuncias de violaciones de derechos humanos, entre las que se cuentan numerosos ataques a periodistas. Aunque las AUC desmintieron de inmediato ser los responsables del asesinato de Garzón, siguen siendo los principales sospechosos.

Hacia fines de 1999, los periodistas comenzaron a abandonar el país a paso acelerado. Según los archivos del CPJ, al menos 13 periodistas abandonaron el país en 1999, y muchos más intentaban irse a fines de año. En su edición del 27 de septiembre, el semanario bogotano Semana describió a los periodistas colombianos como «los nuevos desplazados».

Pero ni siquiera abandonar el país garantiza la seguridad y la tranquilidad, como descubriría el corresponsal de El Tiempo Carlos Pulgarín cuando huyó de Colombia hacia Perú en diciembre. Pulgarín había recibido repetidas amenazas después de publicar una serie de reportajes sobre las AUC. Después de ser amenazado a punta de pistola y secuestrado por un breve lapso, él se fue del país. Con la ayuda del Instituto Prensa y Sociedad (IPYS), una organización pro libertad de prensa radicada en Lima, Pulgarín se mudó al Perú; pero a unas pocas semanas de su arribo, alguien dejó un mensaje vulgar y amenazador en la contestadora del IPYS, en el cual le advertía a Pulgarín que se cuidara porque ya se conocía su paradero.

En los meses de octubre y noviembre hubo una racha de secuestros ejecutados por los tres grupos guerrilleros izquierdistas de Colombia. En la mayoría de los casos, los guerrilleros secuestraron a periodistas para obligarlos a brindar cobertura de las atrocidades contra civiles cometidas por grupos paramilitares de derecha. Al menos un periodista, el corresponsal a tiempo parcial de Reuters Henry Romero, fue secuestrado y amenazado con la denominada «justicia revolucionaria» por haber fotografiado a un comandante del ELN con la cara al descubierto.

El derecho humanitario internacional prohíbe la captura de rehenes civiles, y los medios de comunicación colombianos han estado unidos en sus denuncias contra la severa campaña publicitaria de la guerrilla. Los reporteros locales informaron al CPJ que muchos de sus colegas secuestrados han tenido que enfrentar la continua presión de sus captores, aún después de ser liberados.

Gran parte de la violencia contra los periodistas es perpetrada por las facciones políticas involucradas en la guerra civil, pero los narcotraficantes, quienes lanzaron una campaña contra los medios a finales de la década de los 80, aún constituyen una verdadera amenaza. En mayo, el CPJ publicó un reportaje que vinculaba a los narcotraficantes con el asesinato en 1998 del periodista Bernabé Cortés. El 17 de noviembre estalló una bomba en la sede de Cali del diario bogotano El Tiempo, con un saldo de tres empleados heridos y daños considerables. Muchos atribuyeron el ataque a narcotraficantes enojados por la política del gobierno de extraditar a los sospechosos de narcotráfico buscados en Estados Unidos (algunos también culparon a los guerrilleros izquierdistas).

Si bien es cierto que ha habido informes de autocensura, en general los medios colombianos han trabajado con valentía frente a enormes riesgos. Ellos han informado sobre el proceso de paz en gran detalle, al mismo tiempo que han reclamado la participación cívica en las negociaciones. En diciembre, la Fundación para la Libertad de Prensa auspició una reunión en Bogotá con reporteros de todo el país, lo cual dio lugar a la creación de una red nacional pro libertad de prensa.

Hay una polémica entre los periodistas colombianos sobre cómo dar cobertura al conflicto de forma responsable. Medios para la Paz, una organización creada recientemente para controlar los medios de comunicación, aborda el tema de la manipulación de la prensa por las facciones beligerantes. Por otro lado, los periodistas se ven con la disyuntiva de cómo responder cuando se les notifica de antemano de algún ataque violento. El 4 de noviembre, más de 20 jefes de redacción firmaron un acuerdo mediante el que se comprometían a informar sobre el conflicto armado de forma responsable. Después del asesinato de Garzón, algunos medios acordaron «quitarle el color a la violencia» y sólo publicar reportajes sobre violencia política en blanco y negro. El acuerdo zozobró a las pocas semanas, supuestamente debido a bajas en los índices de teleaudiencia.

En noviembre, el CPJ otorgó uno de sus Premios Internacionales de la Libertad de Prensa de 1999 a la periodista investigativa María Cristina Caballero. El premio honró a Caballero, una reportera valiente y de profunda dedicación, pero también reconoció las condiciones de sumo peligro bajo las cuales labora todo periodista colombiano. El hecho de que Caballero, quien ha soportado todo tipo de amenazas de muerte, huyó del país después de recibir una amenaza de muerte en mayo demuestra cuán dramáticamente se ha deteriorado la situación. El CPJ ha estado en comunicación con funcionarios colombianos, a quienes está presionando para que se incluya la cuestión de la protección de los periodistas en la agenda de las negociaciones de paz.

En octubre, la Fiscalía anunció la creación de una unidad especial para investigar el asesinato de periodistas. El primer informe de la comisión, que se dio a conocer en enero, señala que 18 personas han sido detenidas, incluidos dos miembros de los servicios de inteligencia, en ocho investigaciones distintas.

Si bien los periodistas locales ven la violencia como el problema principal, también enfrentan obstáculos legales. Un proyecto de ley, tipificaría como delito la divulgación de documentos judiciales sellados, ocasionó tal indignación que se estancó. A los periodistas se les convoca repetidamente a la Fiscalía para que muestren sus pruebas, y las fuerzas armadas presionan a los medios informativos para que entreguen breves e imágenes sin editar de entrevistas con grupos armados.

Al evaluar los riesgos de trabajar bajo tales condiciones, un reportero local del departamento de Magdalena, azotado por la violencia, aseveró: «sales de tu casa cada día sin saber si volverás o no, pero tienes que seguir... haciendo tu trabajo».