El presidente Francisco Flores asumió su cargo el 1° de junio, e inmediatamente llevó a nuevos niveles la tradición presidencial de desdeñar a la prensa. Flores nombró por primera vez a un vocero presidencial; pero de Ricardo Rivas, ex presentador de un programa televisivo, se dijo que era casi tan inaccesible como el presidente mismo.

Después de sus primeros 100 días en el poder, las encuestas indicaban que Flores no sólo estaba perdiendo su apoyo popular por la persistente crisis económica y el aumento de la delincuencia, sino también que la población no tenía ni la menor noción de lo que Flores estaba haciendo. En respuesta, Flores despidió a Rivas y anunció que él mismo manejaría las relaciones con la prensa, pero las relaciones siguen marcadas por la tensión. Los periodistas estuvieron particularmente disconformes por el hábito del presidente de sostener encuentros "off the record" antes de cada rueda de prensa, para así conocer de antemano las preguntas que los periodistas le plantearían.

El gobierno culpa a los periodistas locales por muchos de los problemas de El Salvador, y éstos suelen recibir amonestaciones por dar a conocer las noticias de forma crítica. Por ejemplo, después del huracán Mitch -que azotó a Centroamérica en octubre de 1998-, la canciller María de ávila atribuyó una asistencia internacional por debajo de lo que El Salvador esperaba a los reportajes negativos en los medios.

Los jefes de redacción de dos de los principales diarios del país, La Prensa Gráfica y El Diario de Hoy, tuvieron un encontronazo con la ley al publicar los nombres de unos menores de edad acusados de cometer delitos. Muchos abogados y periodistas salvadoreños argumentan que, por motivos de seguridad pública, a la prensa se le debe permitir ocasionalmente publicar nombres y fotografías de delincuentes juveniles violentos. A finales del año pasado, la Asamblea Legislativa estudiaba la posibilidad de legalizar tales excepciones.

Mientras tanto, la Asociación de Periodistas de El Salvador (APES) presentó una petición ante la Asamblea Legislativa para que reformara varias leyes que imponen límites a la libertad de prensa. APES pidió que el tristemente famoso Artículo 272 del Código Procesal Penal, que dispone que los jueces tienen derecho de prohibirles a los periodistas cubrir juicios, se modificara para impedir su aplicación arbitraria. APES también está cabildeando a favor de una nueva ley que les permitiría a los periodistas proteger sus fuentes informativas. En la actualidad, es la norma prohibirle a los periodistas informar sobre juicios y obligarlos a divulgar sus fuentes bajo amenaza de cárcel.

Desde el final de la guerra civil en El Salvador en 1992, la violencia contra los periodistas se ha vuelto cada vez menos frecuente. En 1999, los periodistas denunciaron sólo un puñado de amenazas. Los peligros, sin embargo, aún persisten, particularmente para aquellos periodistas que informan sobre el tráfico de drogas y el hampa. Los reportajes sobre estos temas son limitados, y jamás llevan crédito de autor.

En septiembre, cuando el periódico El Diario de Hoy publicó un reportaje en su revista Vértice que vinculaba a algunos de los casinos de San Salvador con el tráfico de drogas, un inversionista, el coronel hondureño retirado Leónidas Torres, demandó a los jefes de redacción, Enrique Altamirano y Lafitte Fernández, por difamación, delito que en El Salvador se castiga con cuatro años de cárcel. Se espera que un juzgado local vea el caso en la primera mitad del 2000.